目前，事业单位停薪留职一般无全国统一的最新专门规定，在实际操作中，通常需遵循单位内部的规章制度及相关人事管理办法。不过，根据一些地区的政策和相关法律规定，其主要内容如下：
适用范围：根据 2025 年的一些规定，事业单位停薪留职仅允许在以下三种情形下申请：一是重大健康问题，需提供三级甲等医院出具的医疗证明;二是特殊人才培养，经省级以上主管部门批准的学术进修或技能深造项目;三是政策性安置，涉及国家重大战略调整的岗位分流人员。
申请流程：工作人员向单位提交停薪留职申请书，说明停薪留职的原因、期限及计划。单位根据工作人员的申请和相关政策进行审核，决定是否批准停薪留职。经单位批准后，工作人员与单位签订停薪留职协议，明确双方的权利和义务。
期限规定：停薪留职的期限通常为 1-3 年，具体期限由单位根据实际情况确定。期满后，员工可根据自身情况选择返回原单位工作，或者选择其他职业发展路径。
待遇情况：停薪留职期间，员工将不再享受工资和奖金等薪酬待遇。单位通常继续为停薪留职人员缴纳社会保险，但个人需承担个人缴费部分。根据 2025 年的一些规定，停薪留职期间工龄按 50% 累计计算，保留编制但冻结职级晋升，单位继续缴纳工伤保险。
其他规定：停薪留职期间不得在任何营利性机构任职，违者将面临编制注销风险。停薪留职人员每季度需提交从业情况报告，逾期 2 次即终止协议。
事业单位停薪留职的最长期限一般不超过三年。
根据一些地区的政策和相关规定，停薪留职期限通常为 1-3 年，具体由单位根据实际情况确定。特殊情况下，经单位批准，停薪留职期限可适当延长，但延长后的总期限一般也不会超过三年。不过，不同地区、不同行业的事业单位在停薪留职期限规定上可能存在差异。
事业单位停薪留职期间一般算工龄。
根据相关规定，职工经组织批准停薪留职的，其在原单位的工作时间可以计算为连续工龄。只要停薪留职手续办理符合规定，职工与原单位的人事关系依然存续，停薪留职期间就应计入工龄。不过，具体的认定可能因地区、单位规定以及停薪留职的具体情形等存在差异。例如，停薪留职期间从事与原单位无关的工作，或未按规定履行手续，可能会影响工龄计算。
1、适用场景不同
停薪留职通常针对职工个人主动申请的非工伤离岗，而停工留薪期仅适用于工伤职工，即因工作受伤需暂停工作接受医疗的期间。
2、待遇保障差异
停薪留职期间单位停发工资福利，职工需自行承担社保;停工留薪期内原工资福利待遇不变，由单位按月支付，且医疗费用按工伤规定报销。
3、期限规定不同
传统停薪留职最长期限为2年;停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重者经市级劳动能力鉴定委员会确认可延长，累计不超过24个月。
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